Батько, Атанас Окуневський, після втрати дружини залишив духовенство, вивчився на лікаря у Відні та став повітовим лікарем. Софія виховувалася у тітки, де зацікавилась навчанням. У 19 років склала іспити в Академічній гімназії Львова, першою серед галицьких дівчат отримала атестат. Навчалася в Цюріхському університеті, де здобула диплом першої жінки-лікарки в Австро-Угорщині.

Софія стала першою гінекологинею в Галичині, заснувала курси для сестер милосердя, створила український медичний словник, використовувала радіотерапію для лікування онкології. Працювала в благодійній лікарні для бідних.